小鼠脑子有什么？脑谱图怎么看，怎么定位？

首先是三个切面，冠状 Coronal，矢状 Sagittal，水平 Horizontal。

冠状切面（Coronal）垂直于前后轴（Anterior–Posterior, AP）。改变 AP 坐标可以看到不同 coronal 切片，切出来如图所示：

矢状切面（Sagittal）垂直于 左右（Medial–Lateral, ML）轴，切出来如图所示：

水平切面（Horizontal）垂直于 背腹 / 深度轴（Dorsal–Ventral, DV），切出来如图所示：

小鼠的大脑从前往后分别是嗅球（Olfactory Bulb）、大脑（Cerebrum）、小脑（Cerebellum）、脑干（Brainstem）。

1,嗅球Olfactory Bulb (OB)在最前端，用于嗅觉处理。

2,大脑Cerebrum是最大部分，分为左右半球，每侧都包含 大脑皮层如M1、S1、V1、A1等以及皮层下结构如海马体，基底节，丘脑， 杏仁核等。

3.小脑 Cerebellum 主要负责运动协调。

4.脑干Brainstem是维持心跳、呼吸等生命核心功能的中枢。

一直以来我都很好奇，人的大脑皮层分什么前额叶、顶叶、颞叶、枕叶、小脑等，但是到了小鼠的大脑，就似乎没有这些称呼了，是因为这些“叶”的分区，是基于明显的脑沟。但是小鼠几乎没有脑沟，大脑光滑的很，因此某些结构就不是很发达的样子，“叶”的边界也没有那么明显，所以小鼠的大脑皮层分区就改用功能区进行分类，比如S1,M1,V1,A1。当然其他地方也有一些亚区。

• 大脑皮层（Cerebral Cortex）位于最外层，有6 层结构（L1–L6），主要功能：感觉、运动、认知、决策。

小鼠大脑皮层功能区

M Motor（运动）

S Somatosensory（体感）

V Visual（视觉）

A Auditory（听觉）

R / PtA 联合皮层

PFC 前额叶

每个区域又可细分，比如

• 体感皮层（Somatosensory Cortex）可分为：

S1(Primary somatosensory cortex)、S2(Secondary somatosensory cortex)

S1的亚区又可分为：

S1FL (Forelimb前肢）、S1HL(Hindlimb后肢）、S1BF(Barrel field胡须）

同样的，

• 运动皮层（Motor Cortex）：

M1(Primary motor cortex)、M2(Secondary motor cortex)

• 视觉 / 听觉皮层：视觉 V1, V2；听觉 A1, A2

• 其他边缘与联合区等

• 皮层下结构（Subcortical）核团状信号集中、节律明显，电生理非常友好

常见的皮层下高频电生理脑区：

• 海马（Hippocampus）

CA1（Cornu Ammonis 1）、CA3（Cornu Ammonis 3）、DG（Dentate gyrus）

功能：学习、记忆、空间导航、睡眠

层次清晰、Spike + LFP 都好看

• 前额叶皮层（mPFC）

PL（Prelimbic）、IL（Infralimbic）

功能：决策、情绪、工作记忆

特点：Spike 偏弱LFP 信息量大层界模糊

• 丘脑（Thalamus）

感觉中继站，属于深部核团。

特点：Spike 干净

难点：核团多，坐标偏 0.1 mm 就是另一个世界。

• 其他重要皮层下结构

基底节（Basal Ganglia）

杏仁核 （Amygdala ）

下丘脑 （Hypothalamus）

等等。

当然还有什么脑室系统，我没搞清楚，这里不表述了。

我们首先需要知道目标核团（或脑区）在三维空间中的位置（AP / ML / DV）。

可以使用在线小鼠脑谱图工具：

https://labs.gaidi.ca/mouse-brain-atlas/

在脑谱图中确定 AP / ML / DV

（1）确定 AP 坐标 —— 冠状切面已经给出了答案，我们直接看脑谱图的coronal（冠状）切面，每一张冠状切面，都对应一个相对于 Bregma 的 AP 距离，所以当你选中某一张包含目标核团的冠状切面时，AP 坐标已经确定，且与bregma相近。

（2）在这一张冠状切面里，找到目标核团的中心点，过该点画一条水平线，一条垂直线。垂直线与横轴（左右轴）的交点，即该核团相对中线的 ML 距离。水平线与纵轴（深度轴）的交点，即该核团相对 DV零点的深度。

关键问题就在这里，DV 的“零点”是谁？到底是“颅骨”还是“硬脑膜”？

DV 零点取决于 atlas 定义与实验方法（skull / dura / pial surface），必须以原 atlas 或文献说明为准。

一般硬脑膜通常比颅骨低 ~0.1–0.2 mm

还是那句话，DV坐标只是参考值，最终停到哪还是由实际信号决定。

在进行脑立体定位时，首先需要在立体定位仪上准确找到 Bregma。在小鼠颅骨表面识别冠状缝与矢状缝的交点，即为 Bregma。使用探针或针尖轻触该点，并将立体定位仪的读数清零，设定 AP = 0、ML = 0、DV = 0（DV 通常以颅骨表面作为零点，具体以所使用的脑谱图定义为准）。

完成归零后，首先调节前后轴（AP）。探针向前移动（Anterior）时，AP 读数为正值；向后移动（Posterior）时，AP 读数为负值。随后调节左右轴（ML），探针向右移动（Right）时，ML 为正值，向左移动（Left）时，ML 为负值。需要注意的是，ML 的正负方向应与立体定位仪和脑谱图的定义保持一致。

在完成 AP 和 ML 位置调整后，开始下探深度轴（DV）。DV 轴始终表示向下进入脑组织的深度，数值随下探而增加（通常表现为更负的数值）。下探过程中应缓慢、分步进行，避免机械性一次性到达目标深度。实际定位时，DV 坐标应结合实时电生理信号进行验证和微调，例如观察局部场电位（LFP）、神经元放电频率（firing rate）以及层状结构特有的信号变化。最终定位应以电生理信号特征为准，而非仅依赖坐标数值。

我快困死了，现在是凌晨2点半，我感觉就算是借助AI我也不能保证全对，因此希望大家积极留言，互相讨论~